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はてなキーワード: 電気泳動とは

2018-10-21

創作物現実ジェンダーロールに与える影響を評価するある実験

id:yutoji2 氏とid:kashiwa_nakamoto 氏が,ジェンダー論を学んだフェミニストの社会学者が絶対に触れたがらない話 - Togetterで求められている実証分析の水準を高く見積もりすぎなようなので,簡単な例を示しておきたい.

女子生徒を300名ほど集め,ランダムにA,B,Cの3グループに分ける.

出演者理工系知識技能を役立てる動画を,出演者が男女で異なるバージョン複数作成する.例えば,PCR/電気泳動実験刺身勝手に食べた猫を特定するなどが考えられる.白衣クリーンキャップにより身だしなみの影響を排除し,出演者容姿/体格による影響を抑制するため,なるべく平凡な容姿/体格の出演者複数人用意する.

動画を見終わったら,理系文系大学のどちらに興味が沸くか回答させ,その結果を集計する.

ケース理系選択動画出演者/その性別の影響
1A=B>C性別関係なく模倣したがる
2A>B>C同性ならばより模倣したがる
3A>B=C同性のときのみ模倣したがる
4A>C>B同性を模倣し,異性の行為は避ける
5A=C>B異性の行為は避け,同性の行為からは影響されない
6B=C>A同性の行為は避け,異性の行為からは影響されない
7B>C>A異性を模倣し,同性の行為は避ける
8B>A=C異性のときのみ模倣したがる
9B>A>C異性ならばより模倣したがる
10A=B=Cない

等号は統計的仮説検定で有意な差ではないことを示し,不等号は有意な差であることを示す.出演者性別に関わらず、理系が嫌いになる可能性は無視した.

ごく短期的な効果しか見ていないので,実際の進路選択に影響するかは示せない.しかし,ごく短期的な効果もなければ,実際の進路選択にも影響しないであろう.

2016-08-09

http://anond.hatelabo.jp/20160809143452

増田くんは電気泳動って知ってるかな?

(中略)

計算されているんだよ。角度とか

(後略)

2015-07-13

TML5

18年前、エロ同人サイトを作りたくてなんの知識もない自分出会い系広告などひしめくパソコン雑誌をあさったりして必死ホームページを作ろうとしていた。

ただ単に、承認欲求が先走った行動だった。

当時、タグの知識もかけらもないパソコン初心者

マック?なにそれ?りんご?え?

ウィンドウズ?なにそれ窓?そういえば、あのとき、なんであんな並んで買ってたんだみんな。ドラクエくらいしか並ばないでしょ

とか思いながら初めて買ったFMVでダイヤルアップ接続して、エロサイトテレホーダイ時代必死で見ていた。

やがて、毎晩徹夜してエロ小説を書いては厨専用ヤフージオシティーズ無料HP作れるやつ)のどっかの町におんぼろ小屋をたてていた。

あそこは、初心者エディタがあってタグの知識が不完全な俺でもなんとか必死コピペして打ち込んで更新更新

週1でエロ小説更新して週2で触手記念日とか勝手に盛り上がって月一でかならず連載を終了しては凌辱のかぎりをつくし、T-Cup掲示板という無料レンタルBBSを使ってマニア達の要望に応えていた。

テレホーダイ時間になると必ず接続して今日エロはとか語りだす。

ロリコンの話をすると止まらなかった。

IRCだっけ?なんかその手のチャットツールがあってな、ある日、触手愛好会のメンバーがどうやってサイト作ってるって話になった。

ネスケ」がどうのこうの、「ホームページビルダー」で作れるよなどいろんな知識を自分メモりながらエロ小説必死で作り上げていた。

それから大学に進学してしばらく忙しくなってネット同人エロサイトからいったん離れた。

放置してたジオシティーズはいつのまにかなくなっていた。つうか、IDとパスワードわからんくなって放置して、問い合わせ先もわからなくなってしまった。

ヤフージオシティーズ?なにそれ?ヤフーのこと?

とかね。

そんで、最近になってまたエロ変態小説を作って当時のようにサイト作ってみたいと思ったんだが、、、

TML5になっていた。

そこまでにはXHTML1.0とか2.0などで、厳格にHTMLの曖昧さが砕かれてしまって

俺の好きな・・・

center,blinkも色もpinkとかも・・・・・・・なにもかもが否定されていた。

なんで?って一瞬思った。

そしたらWeb Application1.0とかになって今やHTML5。ついていけなかった。

つか、

ここ10年ほど離れていたらこんなに進化していたのか。

エロ同人サイトをやっていた頃から、、、そういえばもう17年以上たつし・・・生物大学院でて必死こいてPCRやって電気泳動して毎日ピペット奴隷大学獄卒をしている間にこんなに変化するとは。

と、かなりおいてけぼりを食らった感がはんぱない。

いや。でも。うちの研究ラボでも進化足跡は多々感じられた。

あのDNA増幅するPC装置がすごくスマートで簡単になったし、貧乏ラボ特有培養液を粉から混ぜて作る面倒さがなくなって今は既製品培養液もある。

調整なんてしなくていいものが多い。

似たような進化なんだろうか。でも、バイオ系は手探りの日常空間科学してるだけでなんていうのか、履歴あいまいに残ってるくらいで大きな変革を感じない。

生物系は日に日にシコシコと飼育当番しながら小銭をもらって生きていてるけど、プログラミングはそれ以上の進化を感じる。

よその畑は青いとかい次元の話じゃない気がする。

これは、自分エロ同人にのめりこまなかった17、18年ほどで、ネットの中で何かでかい革命が起きたんだろうかとか・・・1か月ほどショックが否めなかった。

もっとエロ同人で週一で触手しとけばよかった。続けてればこんな置いてけぼり感味わうこともなかったんだろうか・・・

どうして俺は触手職人を極めなかったんだろう。

ネスケも終わっているし、ホームページビルダーとか当時高くて買うのに涙を呑んでた時代ものすごく遠い。

からエロ同人サイトをどうやって開こうかかなり試案してる。

HTML5にすごい違和感を感じる。

だが、エロのためには馴化するんだろうな。自分

2014-05-08

STAP選手世界新

小保方さんの行った実験写真電気泳動のやつ)の加工が、どのくらい研究者としてあり得ないことなのか、水泳に例えてみる。

とある外国の小規模な水泳選手権で、STAPという無名選手世界新を出しました!とO記者スクープした。

天井から撮ったそのレース映像報道されたが、STAP選手のレーンだけきれいにCGではめこまれた画像だとバレた。

スクープ捏造で叩かれるO記者

「STAP選手の美しい泳ぎを伝えたくてCG処理しただけ。悪いことはしていない。STAP選手は本当に速いんです!!」

かめようにも、誰もSTAP選手と連絡が取れない。しかし「私は彼と何十回と会いました!」と主張するO記者

さて、世界新は本当に出たのでしょうか?

******

水泳でも陸上でもいい。1レーンだけ画像加工するようなジャーナリストを信用できるはずがない。

あの電気泳動画像加工は、誰がどう見ても擁護できない。

マスコミはまともに取り上げない方がいいと思う。

2014-04-28

STAP朗報 脳梗塞報道され姿を消したSTAP論文共著者がTWINS所長に昇進

STAP論文共著者の大和雅之氏はSTAP細胞の発案者であり、小保方晴子指導教授杜撰博士論文審査である

その大和氏は2月5日に「博多行きの電車乗ったなう」とTwitterで書き込んだのを最後Twitterから姿を消し、

重要学会を次々にキャンセルし表舞台から完全に姿を消していた。すでに5月バイオ展もキャンセルされている。

大和氏が姿を消した2月5日と偶然にも同じ日に、STAP論文電気泳動不正がPubPeerというサイトで初めて指摘されたために、

STAP論文不正の追求を恐れて姿をくらましたのではないかと疑うものもいた。

しかし、3月24日週刊現代では「心労から脳梗塞を起こして都内病院入院中でSTAP問題の確認作業ができない状況である」と報道した。

ところが、その脳梗塞で重篤が心配されていた大和氏がTWINSの所長に昇進したらしいという朗報が飛び込んできた。

TWINSとは早稲田大学と、東京女子医大が共同で運営してる日本初の「共同大学院である

このTWINS小保方晴子大和氏と岡野光夫氏(日本再生医療学会理事長)に師事し学んでいる。

コピペ論文でも手軽に博士号をとれるとして人気の研究拠点である

TWINS東京女子医大側のホームページの表示では4月23日までは岡野光夫氏(日本再生医療学会理事長。小保方の指導教授)が所長と表記されていた。

しか4月28日現在サイト更新され大和雅之氏が所長に昇進していることが確認できる。

2014年4月23日までのgoogeキャッシュ

岡野 光夫 所長、当学副学長教授

http://www.peeep.us/8b9375ac

現在のページ

大和 雅之 所長・教授

http://www.twmu.ac.jp/ABMES/ja/memberlist

また、1週間前の4月21日大和氏のTwitterアカウントが削除され投稿内容が全て削除されたことがわかった。

現在大和氏のtwitterにはアクセスすることができない。

https://twitter.com/yamanyan/

大和氏はSTAP細胞の発案者で、1月末に産経新聞にこのように語っている

「刺激で万能細胞が作れるというアイデアは、ハーバード大チャールズ・バカンティ教授と私が2010年に

それぞれ独立に思いついたことだが、小保方さんのように一生懸命やる人がチームに加わらなかったら、

今回の発見は数年単位で遅れていたと思う」

小保方氏は大学院時代から大和氏と共にSTAP細胞研究をはじめていて、

STAP細胞研究について大和氏は相当の事情を知っていると思われる。

http://anond.hatelabo.jp/20140225162613


6月5日追記

1度削除された大和氏のツイッター現在プライベートモードで復活されている。

ツイッターアカウントは削除後30日以内に復活させることができる仕様になっている。

プライベートモードで復帰後数回ツイートをしたようだが、ツイート数が表示されツイート数が更新されることに気づいたらしく、

現在はすべてのツイートを削除している。

2014-04-10

「オンナ投げのピッチャー甲子園優勝校のエースだった」みたいな話

Natureに掲載された2編の小保方論文を、そこそこ詳細に、「抄読会でプレゼンする」ぐらいのレベルで読んで気づく違和感は下記のとおりである

1) FACSのゲートが不適切で、漏れを検出している

2) 蛍光顕微鏡によるGFPの検出で、ネガコン細胞に赤いフィルタを使っている

3) 免疫染色の抗体不適切(複数)

4) 奇形腫の写真がどう見ても成体マウスの正常組織

(次点で、HE写真免疫染色写真対応がない)

以上は理研調査委員会で争点になっておらず、またいずれの会見でも取り上げられていない。

さらに会見の資料には明らにおかしい点が1つある。

5) たかが3,000 bp電気泳動パルスフィールドで行ったと主張

(普通なら30分で終わる実験オーバーナイトでやってんの?)

これらの怪しい点は、仮にデータ捏造するにしてもあまりに場当たり的な印象を与える。少なくとも仮に平均的な能力を持ったポスドクが一から捏造するなら、このレベル整合性を疑われるデータを出すことはない。全部をでっちあげたとしても、あたりまえの材料と道具を使って、少なくとも見かけ上は完璧な図を作ることができる。それも比較的簡単に。ただ同僚に察知されずにやるとなればハードルが格段に上がるし、疑いをもって詳細に見られればバレると思うが。

また不適切画像処理についても、例えばバンド切り貼り境界を消すことなど、普通にPhotoshopが使える人にとっては造作もないことである人間の髪の毛を背景に溶け込ませることに比べればずっと簡単だ。

したがって彼女研究室主催者としてどころか、同世代ポスドクと比べても平均的な能力を備えていないと考えられる。しかし一方で理研のPIになれるのは研究者のなかで一握り、天才的な頭脳連続徹夜に耐えられる体力に加えて、キャリアの序盤で大仕事を成し遂げる強運が必要である彼女は私の知る限り医学生物学分野ではここ10年で2番目の若さユニットリーダー採用されているが、これを高校野球に例えるならオンナ投げのピッチャー甲子園優勝校のエースだった、みたいな話である幹細胞分野には、CNSや姉妹紙に複数報の業績を有し、分子構造からマウスまでなんでも扱えるような数多のスーパーポスドクが、食うや食わざるやの安月給でこき使われており、公募採用時における彼女の潜在的ライバルは数知れなかったはずだ。したがって採用経過が全く不透明で、仮に竹市先生がおっしゃるようにSTAPに強いインパクトを感じて特例で採用したにしても、笹井研究室の常勤研究員として雇い、スーパーポスドクとして育てるべきだったわけで、彼女をPIとして採用した責任は非常に重い。

2014-04-09

小保方氏の不服申し立て論破してみた

改ざん」は、良好な結果を示すデータ存在しないにも関わらず、良好な結果を示すデータ存在するように見せかけるために、データについて変更や省略を行うものである

〜中略

 そのため、「改ざん」が行われた場合、良好な結果を示すデータ実在しておらず、現に存在するデータ架空のものである。言い換えれば、良好な結果を示す架空データ作出することに「改ざん」の本質がある。

 ところが、本件では、良好な結果を示すデータが現に存在するのである

〜後略

問題の図は、"TCR再構成を示す電気泳動パターンが同一アガロースゲル上で得られた"という架空の結果を示している(同一アガロースゲル上で、というのがポイント)。

従って、良好な結果を示すデータ存在するか否かに関わらず、架空データ作出されたと認定されうる。

参考までに、多くの専門誌では、同じアガロースゲル上での結果であれば、切り貼りして良いことになっている。(ただし元の写真を提出すること、切り貼り箇所は明確にわかるように線引きされることが条件)

問題の図は、異なるゲル上での結果を切り貼りしている上、線引きもされていない。

論文1に掲載するにあたり、画像を見やすいように、このゲル写真ゲル写真操作を加えたからといって(ポジティブコントロールを見やすものにする操作を加えたからといって)、この「DNAが短くなった、すなわち、T細胞受容体再構成がおこった細胞が含まれているという結果」自体は、何らの影響も受けない。

事実事実として厳然と存在するのである

ポジティブコントロールを見やすいように操作を加えるという行為は、「改ざん」にほかならない。

なぜなら、「ポジティブコントロールが見にくい」という結果もまた、事実として提示されねばならないからである

そのことを隠すために切り貼りした行為は「改ざん」にあたる。

すなわち、掲載すべきであった画像B(脾臓の造血系細胞から作製したSTAP細胞を用いた画像)と異なる画像A2(骨髄の造血系細胞から作製したSTAP細胞を用いた画像)が、論文1に掲載された。

掲載すべき画像Bは、現に存在しており、調査委員会に提出されている。

〜中略

本件では、掲載すべき画像Bが存在している以上、「事実でない事を事実のようにこしらえ」る行為はなく、「存在しないデータ研究結果を作り上げ」た行為存在しないことは明らかである。それゆえ、申立人が、論文掲載にあたり、画像の取り違えがあったことは、本来的に「捏造」にあたるものではない。

掲載すべきであった画像存在する、と主張するからには、その画像正当性(正しい実験で得られたデータか)を証明する必要がある。しかし、実験ノートが不十分であるため、この主張は採用できない。

正当なデータが認められないのであれば、「存在しないデータ研究結果を作り上げ」る行為捏造」と判断する以外ない。

主に〈1〉実験条件の違いを認識していたはずであること、〈2〉学位論文と似た配置の図から切り取った跡が見えること、を根拠に「小保方氏によってなされた行為データ信頼性根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたものであると言わざるを得ない。よって、捏造に当たる研究不正と判断した(7頁の下から7行目)」としている。

しかし、〈1〉については、申立人は、実験条件の違いを勘違いしたのではなく、画像のものについて勘違いしたのであって、勘違い対象がずれている。

また、〈2〉については、先に述べたように、申立人は、ラボミーティング用のパワーポイント資料の画像を、誤って、使用したのであり、論文1の掲載にあたり、学位論文画像を切り貼りしたことはない。

小保方氏側の説明が真であるとするならば、小保方氏はそのパワーポイント資料を作成する段階で、博士論文画像を切り取ってきたことになる。(画像博士論文から切り取られたことは、委員会の解析により明らかである

Nature論文作成時には「勘違い」であった可能性は否めないが、結局、パワーポイント作成時に実験条件の違いを認識しながら切り貼り行為を行っていたことになる。

2014-04-04

STAP細胞論文の共著者大和雅之さんが脳梗塞。欠席続く

最後まで追試を続けてた香港のチームも、ついに匙を投げ、

すでに一片の希望もないSTAP細胞

その共著者である大和教授は、ツイッターマニアとして知られていて、学会座長をつとめてる最中に「座長なう」と書き込むほど熱心である

ところが2月5日を最後にtwiterを休止している。

大和雅之 ‏@yamanyan 2月5日

博多行きの電車乗ったなう

http://twitter.com/yamanyan/status/430856361170067456

この投稿最後毎日欠かさず続けていたtwitterは停止しており、

博多行きの電車で何があったのか話題を呼んでいる。

東京女子医大大和雅之教授もいつまで博多行きの電車乗ってるんだよ。

https://twitter.com/pontaro2008/status/436877660795326465

また重要学会キャンセルが相次いでおり重篤な病気ではないかとの懸念が強まっていた。

3月2日日本獣医再生医療学会特別講演キャンセル

3月4日再生医療学会総会座長キャンセル

3月17日バイオアセンブラ第6回シンポジウムキャンセル

4月25日日本病理学会レクチャーキャンセル

一部の人によると2月5日から追求が始まった「STAP細胞論文画像加工問題」との関連を指摘する声もある。

大和教授小保方晴子大学院時代指導教授として知られ、また博士論文審査者としても責任が追及されている。

2014年2月5日米国時間)Pubpeerで、 Nature Article論文電気泳動画像不正疑惑が浮上する

http://stapcells.blogspot.jp/2014/02/blog-post_5586.html

しかし、週刊新潮週刊現代報道によると脳梗塞を起こし、STAP論文の確認作業すらできない深刻な病状であるとのこと。

「心労からか、脳梗塞を起こして都内病院入院中」

(都内大学所属する研究者)とのことで、問題の確認作業ができない状況だという

http://gendai.ismedia.jp/articles/-/38749?page=3

2014-03-14

理研の「調査委員会調査中間報告書(全文)」のOCR変換。

http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140314_1/

http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-4.pdf

PDFの中の文字が引っこ抜けなかったので、Microsoft Office Document Imaging使って文字にした。

精度はイマイチだけど、タイプするよりはマシだろうと思うので、情報共有。

誰かが引き継いでくれなかったら、明日清書する。

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平成26 年3 月13 日

独立行政法人理化学研究所理事長野依良治殿

研究論文の疑義に関する調査中間報告書

研究論文の疑義に関する調査委員会委員長石井俊輔他委員5 名

経緯

平成26 年2 月13 日、独立行政法人理化学研究所く以下、「研究所」という0 ) の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から役員を通じて監査コンプライアンス室に相談があった。監査コンプライアンス室長は、「科学研究上の不正行為の防止等に関する規程く平成24 年9 月13 日規程第61 号)J (以下、「規程]という0 )く参考資料)第10 条第3 項に基づき、当該相談通報に準じて取扱うこととし、規程第11 条に基づき、同日より同年2 月17 日の間、予備調査実施した。予備調査に当たったものは、石井俊輔、他4 名である研究所は、予備調査の結果の報告を受け、平成26 年2 月17 日、規程第12 条に基づき本調査を実施することを決定し、石井俊輔委員長とする本調査委員会が本調査を行うこととなった。

中間報告書は、調査対象のうち、これまでの調査で結論を得た一部のもの、及び調査継続のものについて報告するものである。調査継続のものについては、事実関係をしっかL )と把握した上で結論を導<必要があL )、結論を得た時点で速やかに報告する。

2 調査の方法・内容

2 一1 調査目的調査対象項目及び調査対象

以下の点に関して、規程第2 条第2 項に規定する「研究不正」が認められるかどうか調査した。

( 1 ) obokata et al , Nature 505 : 641 - 647 ( 201 4 )論文(以T 、r 論文1 ]という。)く1 - 1 ) Figurelf のdZ 及びd3 の矢印で示された色付きの細胞部分が不自然に見える点。

く1 - 2 ) Figureli の電気泳動像においてレーン3 が挿入されているよ引こ見える点。

( 1 - 3 ) Method の核型解析に関する記載部分が他の論文からの盗用であるとの疑い。

( 1 - 4 ) Method の核型解析の記述の一部に実際の実験手1 ― 頃とは異なる記述があった点。

く1 - 5 ) Figure Zd , Ze において画像の取り違えがあった点。また、これらの画像が小保方氏の学位論文に掲載された画像酷似する点。

小保方晴子く筆頭著者、責任著者)、笹井芳樹く共著者)、若山照彦く共著者)、丹羽仁史く共著者)

( 2 ) obokata et al , Nature 505 : 676 - 650 ( 201 4 )論文(以T 、r 論文2 ]という。)( 2 - 1 ) Figure lb (右端パネル)の胎盤蛍光画像とFig 29 ( T パネ

ル)の胎盤蛍光画像が極めて類似している点。

小保方晴子く筆頭著者、責任著者)、笹井芳樹く責任著者)、若山照彦く責任著者)、丹羽仁史く共著者)

2 一2 調査対象省の役職

調査対象者の論文作成時における役職は次のとおL )である

小保方晴子

く発生・再生科学総合研究センターく以下、「CDBJ という0 )細胞リプ口グラミング研究ユニット研究ユニットリーダー

笹井芳樹

( CDB 器官発生研究グループグループディレクター

若山照彦

く前CDB ゲノム・リプ口グラミング研究チーム:チームリーダー現国立大法人山梨大学生命環境学生命学科発生エ学グループ若山研究室教授

丹羽仁史

( CDB 多能性幹細胞研究プ口ジ工クト:プ口ジ工クトリーダー

2 一3 調査方法

平成26 年2 月20 日から同年3 月12 日までの間、関係資料の収集及び関係者ヒアリングを行った。

資料は、論文に掲載された実験オリジナルデータラボノート論文作成過程を示すファイル調査対象者らから提出された書面、調査対象者らの間の電子メール実験に使用された機器類等に関するものである

加えて、イメージ画像復元に関して、専門家である中野明彦氏(国立大学法人東京大学大学院理学研究科生物科学専攻発生生物学研究室教授研究所光量子エ学研究領域エクストリームフオトニクス研究グループライブセル分子イメージング研究チームチームリーダーから意見を聴取した。委員会は、これらの資料・ヒアリング結果を基に審議をした。

2 一4 調査結果及び評価く見解)く結論を得た調査項目)

調査結果

小保方氏より、ライブイメージング画像作成し、この画像から静止画像作成し、これを圧縮したもの投稿した、投稿論文の元の画像には歪みがなかった、論文に掲載された画像に歪みがあることは気付かなかった、歪みが何故生じたかは分からないとの説明があった。

この画像元となるオリジナルライブイメージング画像ファイルの提出を受け、調査したところ、複数の仕様の異なるコンピュターで再生しても画面上で、投稿された論文画像に歪みはな<、他方、論文に掲載された画像には歪みが見えることを確認できた。

中野明彦氏から、歪みが生じる原因等について、以下のコメントを得た。提出されたライブイメージング画像から論文に掲載された静止画像と全く一致するもの作成できなかったが、類似したもの作成できた。解像度を下げ、さらJPEG などで圧縮すると歪みが出る。歪みはどれだけ圧縮するかによるた

め、同じ歪みを再現するのは難しい。従って、Nature 編集部における図の作成過程で、この歪みが生じたとしても、画像の歪みを正確に再現することは困難である画像圧縮に伴いブ口ックノイズが生じて元画像にはない色が出ることがある。以上のことから論文に掲載された画像は、提出されたライブイメージング画像の1 コマと考えてよい。

評価く見解

元のライブイメージング画像から論文に掲載された静止画像が作製されたと解するのが相当であるc 投稿の際に用いられた画像に歪みはな<、一方、論文に掲載された画像では歪みが見えることからNature 編集部における図の作成過程で、この歪みが生じた可能性がある。画像圧縮した時に生じる画像の歪み(ブ口ックノイズ)についても広く知られているところである。従って、動画からこの図を作製する過程には改ざんの範畷にある不正行為はなかったと判断される。

調査結果

若山氏より、この2 つの画像はいずれもSTAP 細胞から作製したキメラマウス胎児ひとつを、異なる角度から同氏が撮影したものである、それぞれの画像帰属を整理した上で、他のキメラ胎児画像とともに電子ファイルで小保方氏に手渡したとの説明があった。

小保方氏から、同氏が上記2 つの画像を若山氏から受取L )、笹井氏と共に論文用の図を作製した、論文の構想の初期過程では、FigZg 下の画像はsTAP 細胞とFI - SC との比較のためのコント口ールとして使用することとして挿入することとなり、小保方氏が挿入した、その後、笹井氏の執筆過程で、構想が変わり、図の1 ― 頃番を変えたため、この画像不要になL )、この図についての記載も一切行わないことになった、しかし、そのことに気づかず、削除することを失念したままであったという説明を受けた。笹井氏か引ま、同旨の説明に加え、削除することを失念した状態のままで投稿し、論文修正校正過程でも看過したまま論文発表に至った、図の作製の具体的な作業に当たっていた小保方氏に対して、削除の指示をすることも失念していたとの説明を受けた。

FigZg 下の画像は、胎盤でのGFP の発現を示したものであるが、FigZg の本文及び図の説明では、胎仔でのGFP の発現を説明しており、FigZg 上の画像けが記述されている点を確認した。また、当初の論文の構想過程で考えられていた図の配置を示すとする作成情報付きのファイルや該当する実験ノート部分コピー等が提出された。

評価く見解

Figure lb (右端パネル)の胎盤蛍光画像とFig 29 ( T パネル)の胎盤蛍光画像は、同一のキメラに由来する画像である。他にも本文や図の説明の中で言及されていない図が存在することから、GFP 陽性細胞存在を示すためにFig 29 (下パネル)の図が配置されたと解する余地もある。論文構想の変遷のすべてを記録したデータが保存されていなかったため、その変遷を説明通りに復元するには至らなかった。しかし、上述の作成情報付きのファイルデータの内容を検討したところ、当初の論文の構想過程に異なる図の配置を検討したとの説明と矛盾するものではなく、異なる図の配置を議論していたデータであると解する余地が

ある。

論文では、本文及び図の説明の中で言及されていない図が他にもあるので、他の図に関する説明がないことについても検討したところ、失念とは別の理由によって言及されていないと解することもできる。悪意があったことを直接示す資料等も存在していない。とすれば、規程に定める「改ざん]の範畷にはあるが、その行為について「悪意」があったと認定することはできず、研究不正であるとは認められない。

2 一5 調査経過(調査継続中の項目フ

本項目における下記4 点については、研究不正が行われたか否か、について事実関係をしっかりと把握した上で判断するためにさらに期間を要する。現時点で把握された事実について調査経過として報告する。なお、今後、所定の調査結果及び評価く見解)が得られた時点で報告を行う。

調査経過

小保方氏と笹井氏の連名により提出されたFigure 11 の元になったゲル写真電子ファイル実験ノート類および同図の作成経緯と方法の書面による説明、ならびに同二氏からの個別の聴取内容を精査した結果、Figure 11 の図は2 つのパルススフィールド電気泳動ゲル撮影した2 枚の写真に由来する加エ画像であることを確認した。同電気泳動においては合計29 のサンプルを、サンプル1 から14 をゲル1 に、サンプル15 から29 をゲル2 に電気泳動し、Figure 11 のレーン1 , 2 , 4 , 5 がゲル1 の左から1 , 2 , 4 , 5 番目のレーンく標準DNA サイズマー力一をレーン0 として左から番記)に相当し、レーン3 がゲル2 のレーン1 (同)に相当することを、各ゲルに写った写真情報から確認した。

画像の加工については、ゲル1 のレーン1 , 2 , 3 , 4 , 5 の写真において本来レーン3 が存在していた場所ゲル2 のレーン1 の写真が単純に挿入されたものではなく、前者のゲルにおける標準DNA サイズマー力ーレーンの泳動距離が後者のそれに比して約063 倍であり、Figure 11 の作成時に前者を縦方向に約16 倍に引き伸1 ます加エをした上で後者が挿入されたことを、前者に写った挨類の位置関係縦方向への歪みから確認した。また後者については写真に淡く写ったスメア消失して挿入されていることからコントラストの調整も行われていたと判断した。そこで小保方氏に説明を求めたところ、T 細胞受容体遺伝子の再構成のポジティブコント口ールを明瞭に示すためにはゲル2 のレーン1 が適しておL )、ゲル1 とゲル2 のそれぞれの標準DNA サイズマー力一の泳動について双方のゲルにおいて、標準DNA サイズマー力一の対数値と泳動距離が良好な直線性を保っている関係にあることを確認した上で、ゲル1 の写真縦方向に引き伸ばし、標準DNA サイズマー力一の位置情報に基づいてレーン3 の写真の挿入位置を決定したとの説明があった。検証の結果、ゲル1 とゲル2 の間には、標準DNA サイズマー力一の対数値と泳動距離について直線性の保持は見られず、説明通L )に標準DNA サイズマー力一の位置情報に基づいてレーン3 を配置することが無理であること、仮にFigure 11 のレーン3 に見られるT 細胞受容体遺伝子再構成バンド群の位置に近い標準DNA サイズマー力一群に絞ってそれらの位置情報に基づいてレーン3 の画像を配置するとFigure 11 のレーン3 に見られるT 細胞受容体遺伝子再構成バンドとは異なる位置にT 細胞受容体遺伝子再構成バンドが来ることから、説明を

裏付けることはできなかった。説明とは逆に、Figure 11 のレーン31 こ見られるT 細胞受容体遺伝子再構成バンド群の位置に合わせる形でレーン3 の画像を配置すると、ゲル1 とゲル2 の標準DNA サイズマー力一j くンドの位置にずれが生じることから、Figure 11 の画像加エ時には、標準DNA サイズマー力一を基準にしていたのではなく、T 細胞受容体遺伝子再構成バンド群の位置を隣接するレーン4 のそれらに合わせる形で図の挿入が行われたことが示唆された。

電気泳動されたサンプルについては、実験ノート類などの記載やサンプルチューブのラべルなど小保方氏から提供された各種の情報は、Figure 11 のレーン1 , 2 , 4 , 5 は論文の通りであること、論文で「LymPhocytes 」とラべルされたレーン3 はCD45 + / CD3 + T ' J ンパ球であることを示していた。

( 2 )論文1 のMethod の核型解析に関する記載部分が下記の論文からの盗用であるとの疑いが判明し、この点についても調査した。

Guo J etal ; Multicolor Karyotype Analyses of Mouse embryonic stem cell In Vitro Cell Dev Biol Anim 41 ( 8 - 9 ) , 278 - 283 ( 2005 )

調査経過

小保方氏は、若山氏がチームリーダーをしていたCDB ゲノム・リプ口グラミング研究チームく以下「若山研」という0 )では、核型解析を日常的に行っていたが、若山研で使用されていたプ口トコールの記載が簡単であったので詳しく記載した方がよいと考えて詳しく記載のある文献を参考にしたが、引用を忘れたと説明した。論文のMethod 部分は小保方氏により作成された文章であることを同氏に確認した。小保方氏は何らかの記載をコピーしたという暖昧な記憶を持つ様子であったものの、この文献そのものを保有しておらず、この文章の典拠については覚えていないと説明した。文章の類似性、小保方氏がその手法を熟知していなかったこと、実際に行われていた実験と記載が完全に合致しないことから、この記載はGuoJ らによる論文の記載を何らかの方法コピーしたものであると認められた。

( 3 )笹井、若山両氏から、以下の修正すべき点が見つかったとの申し出を受け、この点についても調査した。論文1 : Method の核型解析の記述の一部に実際の実験手1 ― 頃とは異なる記述があった。

調査経過

この核型解析の実験は、小保方氏と若山研のスタッフによL )行われ、データは小保方氏に渡されたとの説明を若山氏から受けた。細胞サンプルの調製は小保方氏によりMethod に記載された通L ) l こ行われたが、ハイブリダイゼーションとイメージングは、若山研のスタッフにより、記述とは異なり、APP - ied sped 「al lmaging のSKY FISH システムを用いて行われたとの説明を若山氏から受けた。作成情報を含むこれらの画像ファイルが提出された。若山氏は、このMethod 部分は小保方氏により書かれた、小保方氏がハイブリダイゼーションとイメージング部分の実験の詳細を知らなかったため、この間違いが生じたと推測していると説明した。

( 4 )笹井、小保方両氏から、以下の修正すべき点が見つかったとの申し出を受け、この点についても調査した。論文1 : Figure Zd , Ze において画像の取り違えがあった点。また、これらの画像が小保方氏の学位論文に掲載された画像酷似する点。5

調査経過

2 月20 日に笹井氏と小保方氏より、修正すべき点についての申し出とこれに関する資料の提出を受けた。申し出の内容は、論文1 の牌臓の造血系細胞から作製したSTAP 細胞を用いたという記載が、実際には骨髄の造血系細胞から作製したSTAP 細胞を用いた画像であることと、正しい画像に訂正することを考えているという2 点であり、提出された資料は、実験過程を示す資料と作成情報を含むこれらの画像ファイルであった。小保方氏から、それぞれの実験過程で、牌臓及び骨髄に由来する血液細胞のサンプルに対し、いずれもhemato ( hemat 叩oietic :血液系の意味)というラべルを用いていたため混乱が生じ、同氏において画像の取り違えをしてしまったとの説明を受けた。提出された資料等により、この2 つの実験は全く違う時期に行われていたことが確認された。一方、上記の骨髄の造血系細胞から作製したSTAP 細胞を用いた画像は、小保方氏の早稲田大学における学位論文に記載された画像酷似することが判明した。データ比較から、これらは同一の実験材料から取得されたデータであると判断せざるを得ない。学位論文では3 - 4 週のマウスB6 骨髄細胞を細いピペットを通過させて得られた多能性幹細胞スフ工ア)を用いて実験が行われたと記載されていることを確認した。すなわち、修正前の論文1 のデータ学位論文作成時に取得されたと推定されるが、実験条件の記載が学位論文論文1 とでは異なっていることが確認された。

また、この申し出の際、これらの図が小保方氏の学位論文に記載されたデータであるとの言及はなかった。

3 その他の事項

論文1 のMethod のBisulphite sequencing の記述の一部に、他の論文と似た記載があることが認められた。記述は8 行であるが、似た記載のうち大半は、プライマー配列と頻繁に行われるPCR 実験記述であり、必然的に良く似た記述となる。そのため、このような似た記載は、多<の論文に見られる。盗用の範畷にないものであった。

以上

○ 手1 学酬究上の不正行為の防止等に関する規程

平成24 年9 月13 日規程第61 号)

目的

第1 条この規程は、独玉目う攻法人理化学研究所(以下研究所」という0 )の研究者等による科学酬究上の不正行為(以ド1 研究不正」という。)を防止し、及び研究不正が行われ、又f まその恐れがあるときに、迅速かつ適正に油志するために必要な事項を定める。

k 定義

第2 条この規程において… 研究者等」とf ま、研究所研究活動に従事する者をいう。2 この規程において「研究不正」とは、研究者等が研究活動を行う場合における次の各号に掲げる行為をいうD ただし、悪意のない間違い及び意見の相違は含まないものとする。( 1 )掲告データ研究結果を作如上げ、これ

2014-03-13

リケジョではない、あるアホな女の話

STAP細胞の騒動を見ていて、自分大学時代を色々と思い出して死にたくなったからここに吐き出す。

個人的なろくでもない思い出話なので、騒動の新たな情報を得たいとか、アホな人間の話にイライラする人はそっ閉じしてください。

私は小保方さんとほぼ同世代で、あの頃はバイオ学科が雨後のタケノコのようにポコポコ新設されていて、私もそのひとつ入学した。私の入った大学では1・2年が基礎課程で、それが終わると研究室に配属される。大学院に進学しなければ、3・4年の2年間、研究に取り組むことになる。

配属された研究室指導教官合理的な人だった。入室後の面談でまず、進学と就職のどちらを希望するのかを聞かれた。公務員志望だと答えると曰く、2年じゃ大した研究はできない、まして就活が忙しい時期はほとんど学校に来られないだろう、だからあなたにはまぁ厳しくしないよ、とおっしゃる事実、2年間で叱られた記憶ほとんどない(何度か呆れた顔はされた)。一方で、進学する同級生は、かなり厳しくしごかれていたように思う。

「どうせ2年でいなくなる学生」の扱いに困ったのは教官だけではなかった。研究室教員は1人しかおらず(もちろん研究員テクニシャンもいない)、学生指導は上級生が行った。私を指導してくれた先輩は、とりあえず実験をさせておこうと思ったようだ。私は、毎日言われるがままにPCRしまくり、ゲルを作りまくり電気泳動しまくっていた。特技はチップ詰めだった。

研究とはなんぞや、実験の意義とはなんぞや、データとは、統計とはなんぞや。アホで怠惰で意欲のない私は、そういったことに自ら興味を持つことはなかった。したがって、「質問には答えるけど、聞かれなければ教えない」というスタンスだった指導教官や先輩との相性はすこぶる悪かった。疑問も持たずにひたすらPCRしまくり、気がつけば4年生になった。

4年生になると、教官にはっきりと「公務員試験が終わるまで、週1回の論文ゼミ以外は来なくていい」と言われた。どこまでもアホな私は、その言葉を額面どおりに受け取って、本当に週1回しか研究室に行かなくなった(就職希望同級生でも、もう少しは行っていたように思う)。夏も終わり頃、公務員試験に全て落ちた私は研究室に戻った。その頃には、私は立派なお荷物学生となっていた。

復帰後は進学希望同級生の下に付くことになった。相も変わらず実験の意義を理解していない私は、リクルートスーツ白衣羽織り、ひたすら培地を作り、細胞の世話をし、あとPCRをした。

指導教官就職希望学生に対し、最終的に学科卒業研究発表会だけ出ればよく、卒論を書かなくてよいと言っていた(カリキュラム上、提出は必須でなかったらしい)。が、4年生の初冬、全員提出するよう方針転換された。まあ当然だろう。私は大慌てで論文を書いた、というよりも、でっちあげた。先輩の修論コピペし、よく撮れた泳動画像を使い、細胞蛍光画像からは都合のいい部分を切り抜いた。私は、論文の書き方どころか、データの取扱いすら学んでいなかった。

こんな私でも卒業が認められ、なんとか就職も決まった。もちろん研究職ではない。その後いろいろあって、今は大学で学んだこととは一切関係のない職場に勤めている。

今でも、科学の話は好きだ。科学に関する本やテレビ番組は好んで見るし、科学館のようなところも行く。自分で言うのもなんだけど、これでも学業の成績は良い方だったのだ。要は、教科書的な「おべんきょう」は好きでも、自分で何かに疑問を持ち、それを追求することの適性はまったくなかったのだろう。

小保方さんの華々しい(今となっては物悲しい)会見の後、にわかに「リケジョ」という言葉クローズアップされた。文系出身の同僚に「増田さんもリケジョだよね!」と笑顔で言われると、違うんだ、やめてくれ、と居たたまれない気持ちになった。私はただ理系学部卒業しただけで、科学作法も何も身に付けていない、ただのアホな女だ。

今回の騒動は残念だけど、これで「リケジョ」という言葉が巷で取り沙汰されなくなると思うと、少しだけホッとしている。

(念のため、この話は私というアホな女の一例であり、立派な女子学生女性研究者大勢おられます。どうか「これだから女は」と一般化しないでくださいね。)

(追記)

watapoco とても面白かったけど、学業の成績良かったら公務員試験は受かってると思った。

筆記は通ったんです(言い訳

(追記2)

rosaline やりたい事もないのに何故その学部を選んだのか、なんてツッコんじゃいけないのかな(後略)

高校生物IIで教わった内容をもっと知りたい、勉強したいと思ったのでバイオ系を選びました。

から思うと、専門の教科書に基づく授業を受けて、どんどん新しい知識を吸収できた基礎課程が一番楽しかったです。

「やりたい事」が「研究」ではなかったということなんでしょうね。

今でも生物系の話は興味ありますニュースになれば色々調べながら見ますよー。

(追記3)

話題になっている↓この記事に共感できる箇所があったので追記します。

早稲田大学の理工系におけるコピペ文化について

研究室基本的に1人しか教授がおらず、そこに多いときは1学年12人配属になる。つまり学部4年・修士課程1年、修士課程2年だけだとしても学生は30人強いる。そんなにたくさんの学生がいて、教授の目が行き届くはずがない。

早大ではない某私大でしたが、この人数比はおおよそ似たようなものでした。全体にもうちょい少なめ。旧帝大出身の人から研究室あたりの学生数が2~3人/年だったと聞いて驚いたのを覚えています(向こうも驚いていた)。

今となっては、そりゃ圧倒的にリソースが足りないんだから先生だって進学/就職スクリーニングするわな…としか思えません(ちなみに、進学はさらに内部進学/外部進学でスクリーニングされます。これも仕方ない)。

ブクマたくさんありがとうございます同意くださる方がいらして少しホッとしました。

同時に、じゃあ私たち(と言ってしまます)のような「理系テーマの『お勉強』がしたい」高校生は、どんな大学の、どんな学部を目指せばいいんでしょうね? 放送大学ぐらいしか思いつきません。

2014-02-25

STAP細胞論文の共著者大和雅之さんに何がおきたのか。重要学会を次々

将来のノーベル賞確実と言われるSTAP論文

共著者のひとりである大和雅之教授が2月5日を最後にtwiterを休止してることがわかった。

大和雅之 ‏@yamanyan 2月5日

博多行きの電車乗ったなう

http://twitter.com/yamanyan/status/430856361170067456

この投稿最後毎日欠かさず続けていたtwitterは停止しており、

博多行きの電車で何があったのか話題を呼んでいる。

東京女子医大大和雅之教授もいつまで博多行きの電車乗ってるんだよ。

https://twitter.com/pontaro2008/status/436877660795326465

再生医療研究に携わる日本国内学者が一堂に会する再生医療学会総会が3月4日から始まるが、

大和教授はこの重要学会座長を辞退したことも明らかになった。

またこのほかにも、大和教授は3月2日の日本獣医再生医療学会特別講演をキャンセルしてることがわかった。

大和教授がなぜ表舞台から姿を消したのは謎だが、

一部の人によると2月5日から追求が始まった「STAP細胞論文画像加工問題」との関連を指摘する声もある。

2014年2月5日米国時間)Pubpeerで、 Nature Article論文電気泳動画像不正疑惑が浮上する

http://stapcells.blogspot.jp/2014/02/blog-post_5586.html

https://twitter.com/darasugo/status/437935360165695488

https://twitter.com/JuuichiJigen/status/438207751987400704

2014-02-19

STAP追試を求めている連中は今すぐクソして寝たほうが良い

研究したことない人にはわからないかもしれないけど、確認しておくと、今回の小保方氏のNature画像が怪しいのと、研究内容が捏造であることとは全く別の事象からな。

研究内容がまっとうでも、図表を作るのが面倒くさくて画像を使いまわしたり(←当然のことながら絶対やっちゃいけないこと)、単純にミスすることもあるし(←一つや二つならあるかな。複数見つかれば故意にやったのではと疑われてもおかしくない)、どっからどうみても完璧な図表を貼り付けて結果を捏造することだってできる。

おそらく大方の生物医学系の研究経験がある人々は、多くのベテラン研究者を巻き込んで理研からドロップされた論文であることから、まあ普通に考えてSTAP細胞は正しい可能性が高い、と考えているだろう。

そして、そう考える研究者たちは、故意か単純ミスか知らないが、こうして不自然画像を指摘されているのは「あちゃー、やっちまったな」という感じで、科学的にというよりも、ゴシップネタとして消化していると思われる。

何百枚も写真があるなら、使い回しの画像を使わずもっともらしい写真を選ぶとか、切り貼りなんてしないで、もう一回電気泳動流すかしろよ…というところだろうか。

研究者として鮮烈なデビューを飾ったにも関わらず、なんか残念な事になっちゃったね。というか。

こうなったらNature以前の論文疑惑に関しても単純ミスで押し通して、画像をすべて差し替えて、しばらく経ってみんなが忘れるまで待つのが良いと思う。

どちらにしても研究結果が正しいか正しくないかなんて、仮に捏造で、内部告発があったり、本人が「ウソでした。てへ」って言わないかぎりは、すぐには決着がつかないのだから、「追試はよ」とか言ってる連中はさっさとクソして寝たほうがいいと思うよ。

そんなことはあってほしくはないと思うけど、もし仮にSTAP細胞ウソだったとして、他の研究者の指摘によって完全にクロとわかる頃にはみんな、「あーそんな割烹着あったなあ」と懐かしく思い出すことだろう。

http://anond.hatelabo.jp/20140219084746

 
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