帝政のヴァールハイトに新都が建設されようとしてた。この時期において帝国領内ではヘッドキーパーと呼ばれる武器密輸組織が暗躍しており、帝国兵は彼らの摘発に精力を注いでいた。帝国兵の新人、レオカディオ・ヴェーラーは着任して早々郊外でヘッドキーパーとの銃撃戦を経験し、その中で友人を失ってしまう。この友人を射ったのはヘッドキーパーではない一般人の配送業者、イヌマエル・グラウナーだった。イヌマエルはおかしな成り行きからヘッドキーパーの荷物を誤送してしまい、彼らに拉致された状態にあったのだ。指名手配犯となったイヌマエルは行きがかり上ヘッドキーパーメンバーに加入し、行動をともにする。

一方反政府組織の調査の一環としてヘッドキーパーになりすまして潜入した聖騎士の一人エルフリーデは、調査中にある研究施設の存在を嗅ぎつける。それは、帝都の議会派の一人、マリー・バルトが関わったとされる生体研究施設の存在だった。やがてヘッドキーパーの面々の中にいる支部長ジェイドが裏切り者であることが判明し、新都にてフリーレンの炎を制御する『ルミナスの種子』を利用しようとする反皇帝派の存在が判明する。上司ヘルマンの不正を見逃せず斬り殺してしまったレオカディオとヘッドキーパーは一時手を結ぶが、彼らの調査によってマリーバルトが反皇帝派であること、息子のヘンリー・ラドバウト・ヴァルコイネンが『ルミナスの種子』を使って人体実験を繰り返し、超人を作り上げようとしていたことが発覚した。全ての陰謀が解き明かされようとしていたその時、ラドバウトの凶行によって新都で制御されていたフリーレンの炎が全開放される。

帝都は炎の器『ゆりかご』の暴走により光に覆い尽くされ、街には超人未然の変異体が大量に跋扈することになった。やがて戦いの末に生き残り、人間の意識を取り戻した人造変異体イヌマエル。彼はレオカディオの身を案じる中、反皇帝派のクーデーターにより落ち延びた皇帝の息子、アーメントの身柄を身分を知らぬまま引き受けてしまう。

レオカディオはラドバウト曰くの覚醒者と呼ばれたが、ラドバウトは姿を消していた。そしてレオカディオたちはクーデーターに成功したマリー・バルトが待つ新都へと向かう決意をする。

人物

●皇帝：ほとんど立憲王政状態で、現在は議会に政権が移行しつつある。ガーネットタブレットという先祖代々伝わる伝説が記された石版を重視しており、かねてより不審な匂いがしていたフリーレンの炎や『ゆりかご』について家臣に心象を吐露していた。

●シャルリーヌ：皇帝の后。マリー・バルトを首謀とするクーデターに遭遇し、母子ともども帝都から落ち延びるが、息を引き取った。

●アーメント：皇帝の子息。序盤では后の腹のなかにいるが、終盤の数分で生まれてのち母子ともども落ち延びている様子が映される。一期終盤でイヌマエルに引き取られる。

●ジェイド：ヘッドキーパーの支部長で、ゲイのような喋り方をする。好みの酒を土産にしないと機嫌を悪くするらしい。実はヘッドキーパー内に潜伏した帝国の間者であり、ヘッドキーパーメンバーに射殺された。

●シャアケ・グートハイル：ヘッドキーパーの実質的な隊長。赤髪のショートカット女。貴族の出身であり、現役の学生でもある。

●ミネルバ・グートハイル：牢の中にいた貴族の女。実はシャアケの母であり、反帝国派のヘッドキーパー、ジェイドに捕らえられて帝国側に売られていた。

●ロータス・グートハイル：シャアケの父。『ルミナスの種子』に関わり、実験に加担して村一つを吹き飛ばしたが、シャアケには内密にしていた。この秘密をシャアケが知ったのはゲオルグより伝えられてからである。

●レオカディオ・ヴェーラー：通称レオ。ダブルヒーローの一人。生真面目すぎる性格故に上司のヘルマンを討ち、心ならずもヘッドキーパーと同行することになる。

●コンラッド：レオ直属の上司であり、ガチガチの帝国兵というより明るく公平で善良な考え方をしている。レオとは大将的に、深刻な出来事を軽く受け流すような柔軟さを持ち合わせる。

●アルノルト・シュバルツ：黒人で髭の男。いつもハンチング帽をかぶっている。

●ベンジャミン・パヴァルド：密輸組織ヘッドキーパーの一員で、概ねアルノルトと一緒に行動している。ラテン系の浅黒い肌でまんまるの目が特徴。

●エルフリーデ：薄い金髪女。ヘッドキーパー所属で聖騎士団所属であり、ゲオルグの命でヘッドキーパーの草として潜り込むという二重スパイ活動をしていた。しかし探りを入れる中で帝国の変異体政策の場面に遭遇していしまい、ラドバウトに変異体化させられてしまう。彼女を仲間として認識できないヘッドキーパーらは彼女に攻撃を加えてしまい、彼女は瀕死の重傷をおいながらも帝国の秘密の断片を語って絶命した。

●イヌマエル・グラウナー：武器を配送させられた運転手。自らのみを守るために帝国兵を射殺してしまい、ヘッドキーパーと行動をともにすることになったばかりか、レオカディオの親友を撃ち殺したことでいらぬ恨みを買うことになった。レオカディオと合流した後はレオの認識も改まり、イヌマエルへの印象は和らいでいる。

●シセル：イヌマエルの妹だが、兄の不祥事によりヘルマンら帝国兵に連行される。

●イルマ：金髪ポニテのお調子者。運送と逃走ルート確保要因として控えていることが多い。

●ダミアン・サントス：ヘルマンに拷問を受けていたヘッドキーパーメンバーで、獄中にてレオと再開する。再三のレオへの協力を申し出るが見せかけであり、実際には裏切り行為を働いた。変異体となったヘルマンに追い詰められた際に自爆行動に出て死亡。

●ザイツ：ヴァールハイト帝国軍第零捌小隊に所属。一話のテロ戦闘に巻き込まれて死亡。この人物の死によってレオはイヌマエルを恨むようになる。

●ライカ病：重症化する流行り病。地理的条件によると一般には説明されている。フリーレンの炎によって病状は食い止められるが、変異体化が進行する。

●ギーゼラ：ヘッドキーパーメンバー。ライカ病を患っている娘がいる。

●ヘルマン：幼少期の頃、使用人の一家として奴隷のような生活を送っていたが、主人に母をレイプされた挙げ句殺されたことをきっかけに歪み、戦場で主人の息子を戦死にみせかけて殺した。更には憲兵となって主人までも逮捕するという復讐劇を遂げる。しかしこの件で彼は自己正当化を行うようになり、正義のためなら強引な手法もいとわない、という行動原理を不気味な心境とともに腹蔵するようになってしまった。このために無辜であるイヌマエルの妹シセルを手に掛けようとしたが、配下のレオカディオの手によって斬り殺されて絶命する。