2019-12-22

パラメータだけ違う似たジョブを一度に投入できる「アレイジョブ

ジョブスクリプトで -J オプションを使います

#QSUB -J <start number>-<end number>[:step]

例:

a.out というプログラムに 1.data を入力するジョブ,2.dataを入力するジョブ・・・,4.dataを入力するジョブ,をまとめて実行したい場合

ジョブスクリプト (この例ではarray.shします)

#!/bin/bash

#QSUB -q gr19999a

#QSUB -ug gr19999

#QSUB -A p=68:t=1:c=1:m=1355M

#QSUB -J 1-4

aprun -n $QSUB_PROCS -d $QSUB_THREADS -N $QSUB_PPN ./a.out ${PBS_ARRAY_INDEX}.data

実行

$ qsub array.sh

投入直後にqsした結果

$ qs

QUEUE USER JOBID STATUS PROC THRD CORE MEM ELAPSE( limit)

gr19999a b59999 3023275[1] PEND 68 1 1 1355M 00:00( 01:00)

gr19999a b59999 3023275[2] PEND 68 1 1 1355M 00:00( 01:00)

3023275[1] のジョブでは

./a.out 1.dataが,

3023275[2]のジョブでは

./a.out 2.dataが,実行されます

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