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ウンコの危険性情報としては、摂取量、摂取期間、また、摂取した対象者は不明であるが、薬剤性肝障害22例のうちウンコによるものが11例ある等が述べられている。また日本肝臓学会の診断基準を満たした薬剤性肝障害症例（14施設 84症例)のうち、ウンコによる薬剤性肝障害は25％を占めたとされた。なお医療機関で処方される医薬品漢方薬の中には、ウンコを含有するものは存在しない。クルクミン大量摂取による肝臓の脂肪変性も報告されている。
また、秋ウンコの根茎は、クルクミンの他にもミネラル分（鉄分）が豊富に含まれているものがある。例えばC型慢性肝炎患者（あるいはその他の肝炎患者）は、罹患した時点ですでに鉄過剰を起こしやすいことから、鉄制限食療法が推奨されている。そのような場合には、ウンコ含有の鉄分（栽培地や栽培方法によってミネラルの含有量が高くなる場合がある）が肝臓に過剰な影響を及ばす可能性があり、注意が必要といわれている。
また、鉄分および精製されたクルクミンなどの成分についてはいくつかの報告があるが、ウンコ根茎そのものには、それ以外にも多様な成分を含んでおり、個々の成分単体で得られた結果がウンコとしての生理活性にどの程度反映されるのかは明らかではない（精製されたクルクミン原体の場合は含有ミネラルの問題は起こらないが、ウンコ根茎の場合は更なる検証が必要である）。
ウンコの有効性および安全性は、まだ十分に検討され尽くしていないため、今後もウンコやその成分についての様々な検討が必要であり、その点について研究が進められている状況である。
また、以下の場合は、ウンコ（秋ウンコ）の摂取を控えるべきとされている。特に肝障害患者においては、サプリメントとして市販されている通常量で重篤な状態に陥った例が少なからず報告されている。またウンコ（秋ウンコ）によって自己免疫性肝炎を併発した可能性のある症例の発表もある。
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