以前も書いたかもしれないが..間違っていたらご指摘よろしく願います。
もしくはこちらの方のページ http://forums.linuxmint-jp.net/viewtopic.php?f=6&t=859
gsettings org.gnome.system.proxy.https host 'http://....'
gsettings org.gnome.system.proxy.https port 8080
gsettings org.gnome.system.proxy.http host 'http://....'
gsettings org.gnome.system.proxy.http port 8080
gsettings org.gnome.system.proxy.ftp host 'http://....'
gsettings org.gnome.system.proxy.ftp port 8080
/etc/apt/apt.conf (ソフトウエアマネージャなんかも利用している)
こちらの方のページ(若干間違い) http://d.hatena.ne.jp/mrgoofy33/20100726/1280154695
プロトコルに関係なく Acquire::(proto)::proxy "http://...:8080" 。
こちらの方のページ http://www.geocities.jp/gronlijus/skill/linux/linux-wget-proxy.html
または http://qiita.com/HirofumiYashima/items/1015874766bd4afb5e2d