北海道の場合は確かに明治期に混血が始まったけど、東北に住んでいる人のほとんど全員や
九州南部に住んでいる人はアイヌとまったく同じ血統です。
http://blogs.yahoo.co.jp/rokusho695/16222563.html
大和朝廷に直接征服された地方は大陸から来た遺伝子が優勢になっている。
この状態が始まったのは弥生期からです。
だから明治時代よりももっとずっと昔ですね。紀元前４００年くらいかな。
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