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結論から言えば、とりあえず卒論やってから決めても全然遅くないですし、修士２年やって就職してから職場で問題意識を持って博士課程に入りなおしても全く問題なく、研究者のキャリアに傷がつくものでも全くないです。あなたの選択自体は尊重しますが、典型的な、「教員の単純な疑問を批判だと受け止めてしまった」ミスだと思いますよ。先生側は、本当に純粋に疑問として、あなたの問題意識を聞きたかったんじゃないかと思います。なぜなら、大学院に進学した後に研究テーマ決める時の参考になるから。先生としては、自分の研究室に入ってくれれば非常に嬉しいんですよ。
後は、入学や配属は、最終的に願書出して志望出すかどうかで決まるので、「あなたの所は受けません」とメールを送った研究室も、全く諦める必要ないですよ。「色々考えましたが、やはり、受けることにしました」というメールを受けて、期日までに願書を出せばそれでOKです。そういう風に色々悩む学生がいるというのは、教員の側は何度も経験しているので織り込み済みですよ。
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