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飛行艇を奪って脱出したユパたちは僧会の追ってによって撃墜され、「腐海」に墜落するが、森の人の一行に救われる。森の人は「蟲使いの祖にして最も高貴な血の一族」、彼ら自身の語るところでは古エフタル王国の大海嘯による崩壊の際、「青き衣の者」に率いられて「腐海」に入り、そこで生きることを選んだ者達の末裔である。彼らは「火を捨て 人界をきらい 「腐海」の奥深く住まう者 蟲の腸をまとい 卵を食し 体液を泡として住まう・・・・」、つまり「腐海」を敵とせず、大地を汚さず生きるものたち、「腐海」の生態系を熟知し、そして当然に、ユパやナウシカが気づいた真実を初めから知っていたものたちである。
彼らもまたナウシカと同じように蟲たちの大移動を察知し、南への探索の途上であった。彼らにつれられてユパ達は「腐海」を突破して土鬼の地に到達し、追ってきた風の谷のガンシップと首尾よく合流を果たす。ところでガンシップは其の途上で、土鬼の浮き砲台がペジテを襲ってトルメキア軍から奪ったとおぼしき巨神兵を輸送しているのに遭遇していた。
他方、クシャナの部隊とともに土鬼の地に到達したナウシカは「腐海」から遠く離れた村までが瘴気に襲われて全滅しているのを目撃する。
クシャナの目的は自分を陥れようとする父ヴ王を欺き、忠実に土鬼を進撃する振りをして、奪われた自らの最強軍団、第三軍に合流し、指揮権を奪還し王に逆襲することだった。瘴気を利用した土鬼の総反抗の中、撤退するトルメキア軍のしんがりをつとめさせられている自軍を救い出す為には、瘴気の謎を的確に追跡するのみならず、優れた技能と母性的カリスマを発揮して兵の心を捉えつつあるナウシカの力が役に立つ。そして彼女はついにトルメキア軍最南端拠点、土鬼サパタ士侯国の都城に立てこもる自軍との合流に成功する。
クシャナが、そこで脱出の血路を開くべき会議を計画する一方で、ナウシカは大量の非戦闘員の捕虜の存在に憤激する。減り続ける労働力不足を補う為の奴隷の獲得は、この戦争の主要目的のひとつであった。ナウシカはクシャナに捕虜釈放を要求するが、クシャナは「手を汚すまいとするお前の言いなりになるのは不愉快だ」戦闘への参加を其の交換条件として提示する。
仕方なく戦闘に参加したナウシカは、会戦目的が敵土鬼包囲軍の殲滅ではなく、攻城砲台を撃滅して脱出のための時間稼ぎをすることにあるのを利して、砲台殲滅を機に、本来「腐海」の蟲を音で脅して追い払うために用いられる鏑弾を撃って敵の馬脚（正確には牛脚。土鬼の常用役畜は「毛長牛」なお、トルメキア、エフタルの常用役畜は「トリウマ」）を乱し、その隙に、「これ以上の流血は無用！！」とクシャナに撤退を求める。
クシャナはコレを承諾し、退却し、敗走中にナウシカに救われた兵士達の分隊がナウシカを援護し全滅する。ナウシカは危うくとらえかけられるが、ユパから贈られた忠実なトリウマ、カイの死を賭けた奮戦によって脱出に成功する。（ここまでで単行本第三巻）
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